Selain kurikulum formal, SMP Islam Sultan Agung 4 juga menyelenggarakan program Madrasah Diniyah (Madin) sebagai penguatan pendidikan agama bagi para santri, khususnya yang tinggal di boarding.

Madin merupakan program pembelajaran keagamaan tambahan yang dilaksanakan di luar jam sekolah formal, mencakup kajian kitab, ilmu tajwid, akidah akhlak, fiqih, hingga bahasa Arab dasar. Program ini melengkapi pendidikan agama yang telah diperoleh siswa di kelas reguler.

Kegiatan Madin biasanya dilaksanakan pada sore atau malam hari dengan sistem kelas berjenjang sesuai kemampuan santri. Para pengajar Madin merupakan ustadz/ustadzah yang memiliki kompetensi di bidang keagamaan, sehingga proses pembelajaran dapat berjalan secara sistematis dan terarah.

Melalui program Madin, SMP Islam Sultan Agung 4 berkomitmen mencetak generasi yang tidak hanya unggul dalam ilmu pengetahuan umum, tetapi juga memiliki pondasi agama yang kokoh sebagai bekal kehidupan.